一、為強化本局對非法棄置案件之稽查及處理機制，建立標準化稽查作業程序，明確各單位分工與權責，並提供案件查處及相關法規適用之依循，以提升查處效率，特訂定本作業原則。
二、本局及所屬機關辦理非法棄置案件之稽查作業流程依附件一辦理，並按廢棄物類別、法規適用及行為人類型等情形，權責分工如下：
(一)本局環保稽查大隊：
1.辦理一般性稽查業務包括主動稽查、陳情檢舉及其他機關移入案件。
2.辦理未領有廢棄物清除、處理許可文件而涉及違反廢棄物清理法（以下稱廢清法）第四十六條各款規定案件之稽查及移送作業。
3.辦理非事業及自然人違反廢清法第十一條及第二十七條案件之行政裁處。
（二）本局環境管理處及所屬區清潔中隊：
1.辦理一般廢棄物之清除、處理業務。
2.辦理違反廢清法第十一條及第二十七條案件之舉發及限期改善作業；屆期未改善者，得由各區清潔中隊代為執行清除、處理作業，並依法向行為人求償代清除、處理費用。
（三）本局廢棄物管理科：
1.辦理廢清法第四十二條有關公民營廢棄物清除處理機構許可管理及相關業務。
2.辦理領有廢棄物清除、處理許可文件而違反廢清法第四十六條各款規定案件之稽查及移送業務，並負責本局列管事業廢棄物非法棄置案件之稽查。
3.辦理廢清法第七十一條規定非法棄置場址之清除、處理作業，包括命限期清除、處理、審查清理計畫及追蹤執行等事項。
三、辦理非法棄置案件應先行啟動行政調查，查明實際行為人、土地所有人、管理人或使用人，並依相關法令規定調查其是否負有防止廢棄物棄置或清除、處理之責任。經調查該當廢清法第四十六條刑事構成要件者，應即陳報督導長官，並報請司法警察機關偵辦。
前項行政調查應依棄置場址之污染狀況及對環境危害程度積極辦理蒐證、溯源調查及配合檢調、警察機關釐清相關犯罪事實，並得蒐集下列事證：
（一）現場照片、錄影或其他影像資料。
（二）調閱或蒐集相關監視影像、車輛行車軌跡、衛星定位資料、過磅紀錄或其他相關資料。
（三）運輸車輛、機具、裝載情形。
（四）棄置廢棄物之種類、數量、狀態以及棄置地點之地緣、區位、設施、門禁等可能涉及集團犯罪分工或佐證犯罪惡性之資訊。
（五）其他足資辨識行為人之文件、標示或認定案件事實之證據。
四、辦理非法棄置案件必要時得依廢清法第九條第二項規定扣留清除機具、處理設施。
案件涉及刑事責任並經移送檢察機關偵辦者，本局應配合檢察機關或法院辦理犯罪證據之扣押、保全或沒入等相關作業。
五、依前點規定辦理證據保全之案件，本局應積極追蹤刑事偵查或審判之進度。嗣經檢察機關或法院認無證據保全之必要者，應依第三點調查之結果依下列方式辦理廢棄物清除、處理作業：
（一）於知悉無證據保全必要七日內，函請清除、處理義務人（以下稱義務人）陳述意見，逾期未陳述或所陳無理由者，應於七日內限期義務人清除、處理，並提送清理計畫送本局審查。
（二）義務人有意願清除、處理廢棄物者並於期限內提送清理計畫本局審查者，經本局審查同意後，依計畫內容執行清除、處理作業。
（三）義務人無意願清除處理者，依廢清法第七十一條第一項、行政執行法第二十九條第二項規定估計清除、處理、改善及衍生之必要費用並命其繳納，逾期未繳納者，移送法務部行政執行署強制執行。
為防範義務人脱產，得先行清查義務人財產，免供擔保向行政法院聲請假扣押、假處分。必要時得建議法務部行政執行署依行政執行法第十七條規定對義務人限制住居、拘提或管收。
六、廢棄物非法棄置案件違反廢清法應裁處罰鍰者，按其違規主體、違規行為態樣依附件二及違反廢棄物清理法罰鍰額度裁罰準則計算其罰鍰。
七、非法棄置案件涉及廢清法第三十六條規定者，舉發原則如下：
（一）原則以實際從事棄置行為之人為優先舉發及裁處之對象。
（二）共同參與、指示或僱用他人從事棄置行為、對棄置場址具有場所管領力、事實上支配力，或對從業人員具有指揮、監督關係，並對非法棄置行為之發生具有決定或影響力者，亦得認定為實際行為人。
（三）實際行為人之認定，應依具體事實及蒐集之證據，綜合判斷其對非法棄置行為之參與程度及支配關係。
（四）無具體事證足以認定土地所有人、使用人或管理人與非法棄置行為具有犯意聯絡、行為分擔或共同實施、教唆、幫助關係，或對該行為具有支配或影響力者，原則上不予認定為實際行為人，但得依廢清法第七十一條規定命其負擔狀態責任。
八、非法棄置案件經調查涉及廢清法第六十條各款所定情節重大者，得以法定罰鍰最高額度裁處之。
九、為有效查處非法棄置案件，本局得視案件需要與警察機關、檢察機關、土地管理機關或其他相關機關建立通報及合作機制。